Вашата база данни вероятно е създадена с различен локал.
Проверете \l+
в psql
на старата и новата версия. Те ще имат различни настройки за локал.
Други възможности са различни операционни системи/версии. PostgreSQL използва правилата за локализиране на libc, а някои платформи (особено Mac OS X) имат малко ... специална ... libc.
На 9.1.9 с en_AU.UTF-8
база данни, работеща на Fedora 19, получавам:
regress=> select lower('Æ');
lower
-------
æ
(1 row)