Имах същия проблем в Arch linux. Мисля, че това не е проблем, зависим от ОС. Както и да е, поправих това, като намерих остарелите пакети и след това актуализирах.
pip uninstall psycopg2
pip list --outdated
pip install --upgrade wheel
pip install --upgrade setuptools
pip install psycopg2
надявам се това да помогне...