Вземете дъмп на база данни и вместо това контролирайте версията. По този начин това е плосък текстов файл.
Лично аз ви предлагам да запазите както дъмп на данни, така и дъмп на схема. По този начин с помощта на diff става сравнително лесно да се види какво се е променило в схемата от ревизия до ревизия.
Ако правите големи промени, трябва да имате вторична база данни, в която правите промените в новата схема и да не докосвате старата, тъй като, както казахте, правите клон.