Имах работа със същия проблем.
Отворих буркана и открих, че папката views е заровена и допълнителната папка е по-дълбока, отколкото очакваме. Трябва да работи достатъчно дълго, докато не го поправят в следващата версия.
Бързо решение, което работи за мен:
#extract folder
jar xfv logstash-1.1.11.dev-flatjar.jar logstash/web/views
#move files around
cp -r logstash/web/views/views/ logstash/web/
rm -rf logstash/web/views/views
# push files in jar
jar uvf logstash-1.1.11.dev-flatjar.jar logstash/web/views/
