MongoDB агрегира групиране на вътрешна дъщерна колекция и получава пълен документ с брой

Основният проблем е, че трябва да преминете през цялата колекция (в тази ситуация не можете да използвате индексите за ускоряване на процеса).

Можете да опитате този код (има по-малко операции от вашия):

db.getCollection('User').aggregate([
    {
        $unwind: "$UserSubscriptions"
    },
    {
        $group: {
            _id:"$UserSubscriptions.Subscription.Publication.Code",
            users: {$addToSet: "$_id"}
        }
    },
    {
        $project: {"PublicationCode": "$_id", "Count": {$size: "$users"}}
    }
])