Според документи на Mongoose :
Според предишен SO отговор
Model.findByIdAndUpdate()
„Намира съвпадащ документ, актуализира го според аргумента за актуализиране, като предава всякакви опции и връща намерения документ (ако има такъв) към обратното извикване.“
В опциите задайте upsert на true:
upsert:bool - създава обекта, ако не съществува. по подразбиране е false.
Model.findByIdAndUpdate(id, { $set: { name: 'SOME_VALUE' }}, { upsert: true }, callback)
