Можете да го направите с помощта на позиционния оператор "$[]" :
db.getCollection('workflows').update({_id: ObjectId("5ffef283f1f06ff8524aa2c2") }, {$pull: {"workflows.$[]":{pName:"Test1" } } } )
но схемата изглежда малко странно и след актуализацията ще имате празни масиви в работните потоци, ако всички елементи са били изтрити в под-масива. За да коригирате празните под-масиви, ще трябва да извършите втора операция, за да ги премахнете:
db.getCollection('workflows').update({_id: ObjectId("5ffef283f1f06ff8524aa2c2") }, {$pull: {"workflows":[] } } )