Mongodb не се актуализира, когато използвам по този начин

{_where : what } третира _where като String литерал, който е еквивалентен на:{"_where":what} . Следователно не получавате актуализирани резултати, тъй като няма поле като _where . Трябва да го присвоите по следния начин, за да работи.

exports.updateUsers = function ( user_id, where, what, pass )  {
    var _where = 'settings.'+where; //when I use it doesn't update
    var update = {};
    update[_where] = what;
    user.findOneAndUpdate(
          {'user_id' : user_id}, 
          update).exec(function(e,d){
            pass("ok")
          })
};

update[_where] = what; разрешава стойността в _where променлива.