За други, които се сблъскват с това - каква болка! Оказва се, че Mongo>2.6.3 има известен проблем със стартирането:Поддръжка на Systemd (не може да стартира mongodb с начални скриптове с Fedora 15 или по-нови) Както е отбелязано тук:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-17742 и изглежда, че това вероятно няма да бъде напълно коригирано за>2.6.3 до Ubuntu 16.04, освен ако няма силно недоволство.
Така че решението за мен беше да издам:
sudo apt-get install --reinstall mongodb
Това се върна обратно към mongo 2.6.3 и СЕГА ВСИЧКО РАБОТИ! За тези, които срещнаха това... Благодаря на всички, които погледнаха това!