Как мога да получа всички идентификатори на документи в MongoDB?

Можете да направите това в обвивката на Mongo, като извикате map върху курсора по този начин:

var a = db.c.find({}, {_id:1}).map(function(item){ return item._id; })

Резултатът е, че a е масив само от _id стойности.

Начинът, по който работи в Node, е подобен.

(Това е драйвер за MongoDB Node v2.2 и възел v6.7.0 )

db.collection('...')
  .find(...)
  .project( {_id: 1} )
  .map(x => x._id)
  .toArray();

Не забравяйте да поставите map преди toArray като тази map НЕ е JavaScript map функция, но тя е предоставена от MongoDB и се изпълнява в базата данни, преди да се върне курсорът.