Mongoose - find():обект в опциите за търсене не работи

Изглежда доста вероятно, като се има предвид използването на многоточие в списъка ви със схема, че има повече свойства от isDeleted под metadata Имот. Така че вашият обект трябва да бъде:

var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };

Причината за това е, че в противен случай заявката търси документ с "точно" и "само" свойствата, посочени под metadata ключ:

var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };

И когато това не е така, тогава, разбира се, няма съвпадение.