Ако извикате list_indexes()
ще покаже уникален индекс на id поле.
Трябва да премахнете уникалния индекс на id поле в колекцията, както и с помощта на db.collection.dropIndex()
.
Не съм сигурен дали mongoengine предоставя drop_index клас метод, но можете да направите това от обвивката.