MongoDB и Asp Core актуализират само двойка ключ:стойност вместо целия модел

Ако просто искате да актуализирате не целия обект, а някои свойства, възможно е да направите това Update команда:

collection.UpdateOneAsync(x=>x.Id ==id, 
        Builders<User>.Update.Set(u=>u.hasAcceptedTerms, false)
                             .Set(u=>u.state, 1));

Предполагам, че тази колекция е вашата IMongoCollection<User> , което имате предвид с _context.Users