Основният недостатък е пристрастието на заявката. Феноменът, че такива бази данни са склонни да бъдат проектирани с един конкретен вид заявка в ума и се оказват трудни за справяне, когато трябва да се напишат други заявки.
Да предположим, че имате студенти и курсове и моделирате всичко това, така че да можете да кажете в един ред в една таблица „Джон Доу взема {френски, алгебра, релационна теория}“ и „Джейн Доу взема {немски, функционален Компютинг, релационна теория}".
Това улеснява запитването „кои са всички курсове, следвани от ...“, но опитайте и си представете какво би било необходимо, за да се получи отговорът на „какви са всички студенти, които следват Теория на отношенията“.
Опитайте и си представете всички неща, които самата система би трябвало да прави, за да даде на такава заявка (ако беше възможно да я напишете) някакъв шанс да се представи разумно ...