Зависи какъв вид актуализации правите. Ако тези актуализации увеличат вашия документ (натискане на масив или подобно), тогава да, ще имате известна фрагментация. Актуализациите на място ($inc) не водят до преместване на документа (без фрагментиране).
Между другото, това не е фрагментация сама по себе си, а по-скоро малко загубено пространство. Тоест, ако документът бъде преместен на ново място, старото му местоположение няма да бъде използвано повторно.
