Премахнете позиционния оператор ($ ) от query параметър на update функция.
Meteor.users.update(
{
_id:options.userId,
'buyer.boards.title':options.boardTitle
},
{ $push: {
'buyer.boards.$.idArr':options.newId }
}
);
От документите:
db.collection.update(
{ <array>: value ... },
{ <update operator>: { "<array>.$" : value } }
)
Позиционният оператор трябва да се използва в update параметър ине в query параметър. Това актуализира само първите boards обект, който има съответстващото title .