Това трябва да свърши работа:
db.lists.update(
{},
{ $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
{ multi: true }})
За всеки документ в колекцията ({} означава празна заявка), той премахва всеки елемент с предоставения _id (в items масив). Без multi опция, само първият намерен документ ще бъде засегнат