Директорията за данни на mongodb не е специфична за приложението. Това е mongod.exe специфични за процеса.
Като документация казва
Това означава, че трябва да създадете C:\data\db директория или стартирайте mongod.exe с пълния път до вашата директория с данни като --dbpath стойност на параметъра.