Добре, бях само на една операция по актуализация. Поправих проблема със следната update на mongo shell команда за замяна на всички NaN s с null s:
{multi: true} за замяна на всички съвпадения.
database_name.collection_name.update({"field_name_having_NaN": {$eq: NaN}}, {$set: {"field_name_having_NaN": null}}, {multi: true});
Справка:Оператор за актуализиране на полето MongoDB - $set