Бих предложил да използвате mongostat, докато изпълнявате вашите тестове. Има много неща, които може да не са наред, но mongostat ще ви даде добра индикация.
http://docs.mongodb.org/manual/reference/mongostat/
Първите две неща, които бих разгледал, са процентът на заключване и пропускателната способност на данните. С разумна пропускателна способност на специализирани машини обикновено влизам в 1000-2000 актуализации/вмъквания в секунда, преди да претърпя някакво влошаване. Такъв беше случаят с няколко големи производствени внедрявания, с които съм работил.