Вярвам, че това, което имате предвид, е клъстърен индекс , а не основен индекс.
MongoDB 2.0 няма функция за групиран индекс, така че обикновен индекс на дата ще бъде най-ефективният ви вариант за извличане.
Вероятно е преждевременна оптимизация да мислим за физическия ред на диска с MongoDB. MongoDB използва карти с памет файлове, така че в зависимост от вашия работен набор + заявки + RAM може да не се наложи да зареждате данни от диска толкова често, колкото се очаква.