_.merge клонира поддокументи вместо да актуализира

Опитайте да използвате _.extend или _.assign вместо това:

var updated = _.assign(entry, req.body);

Този отговор от ShitalShah подчертава разликите между сливане и разширяване, които причиняват дубликати във вашия резултат обект с сливане, но по същество:

JSBin за да илюстрирате разликите:

var dest = {
  p: { x: 10, y: 20},
};

var src = {
  p: { x: 20, z: 30},
};

console.log(_.merge(dest, src)); 
/*
[object Object] {
  p: [object Object] {
    x: 20,
    y: 20,
    z: 30
  }
}
*/

console.log(_.extend(dest, src));
/*
[object Object] {
  p: [object Object] {
    x: 20,
    z: 30
  }
}
*/