Изградете своята update
обект програмно, за да не включва 'contact.phone'
когато не е предоставено:
var update = {
name : venue.name
};
if (venue.contact.formattedPhone) {
update['contact.phone'] = venue.contact.formattedPhone;
}
Venue.update({_id : venue.id}, update, {upsert: true, safe:false}).exec();