Можете да използвате UpdateMany метод от MongoDB C# драйвер с позиционни всички
оператор:
var filter = Builders<YourModel>.Filter.Exists(x => x.Students);
FieldDefinition<YourModel, bool> field = "Students.$[].IsNew";
var update = Builders<YourModel>.Update.Set(field, false);
Col.UpdateMany(filter, update);
РЕДАКТИРАНЕ:можете да използвате .Exists() като филтър, за да сте сигурни, че Students масив присъства във всички документи, които се актуализират