Проблемът е, че предавате 'scope' като 'fields'.
Това работи:
db.variant_daily_collection.map_reduce(m, r, out="myoutput", query={"site_name": {'$in':['julie2.com','julie3.com','radiotiempo.com']}, 'timestamp': {'$gte':'20110601','$lte':'20110809'}}, scope={'variant_ids': ['4519','4518']})
Където m е вашата карта функция отгоре и r е вашата редуцираща функция отгоре. Току-що вмъкнах вашия примерен документ три пъти, за да тествам.