Не трябва да извиквате ->close() на всяка итерация. Ако извикате close, казвате на драйвера да не използва повторно постоянна връзка. Ако стартирате това в тесен цикъл, тогава операционната система ще изчерпи портовете за използване, тъй като всички те са в състояние TIME_WAIT.
Драйверът на PHP използва постоянни връзки и ако (без да извиквате ->close) стартирате „new Mongo“ в тесен цикъл, както във вашия пример, драйверът няма правете нови връзки и използвайте повторно вече съществуващата.