Актуализирайте колекцията от метеори, без да премахвате или отменяте съществуващи полета

Просто направете това:

$set: {"profile.name": "Test2", "profile.new_fields": "value"}

т.е. Заменяхте целия хеш. Вместо това можете да актуализирате полетата в хеша.