Изпълнението на заявката е неуспешно при изпълнение на командата Mongo чрез bash скрипт

Това не е javascript. Не можете да извикате външен изпълним файл от javascript.

Просто стартирайте mongorestore директно:

mongorestore --host=localhost --port=27017 --gzip --archive=C:\backup --nsInclude 'n2aenv.*' --nsFrom 'n2aenv.*' --nsTo 'newDB.*'