MongoDB:Проверете дали стойността е нула или масивът е празен

Можете да използвате $or оператор на заявка с проверка за всяко условие:

{
  $or: [{
    // Check about no Company key
    Company: {
       $exists: false
    }
  }, {
    // Check for null
    Company: null
  }, {
    // Check for empty array
    Company: {
       $size: 0
    }
  }]
}