В крайна сметка вие сте прецакан. Няма начина (в mongodb) за гаранция целостта на данните в такъв сценарий, тъй като липсват връзки като цяло и по-специално външни ключове. И няма голям смисъл в изграждането на проверки на ниво приложение. Без значение колко сложни са те, те все още могат да се провалят (следователно „няма гаранция“).
Така че това е или вграждане (така че свързаните данни да са винаги там, точно в документа), или изоставяне на надеждата за последователни данни.