Итерация над курсора на Mongodb от агрегат

Опитайте това:

var cursor = User.aggregate([
    { $match: { _id: { $nin: req.decoded.username.connections } } },
    { $sample: { size: 10 } },
]).cursor().exec();

cursor.each(function(err, doc) {
    //do something with doc
});

Mongoose обработва агрегат към обект на курсора по различен начин от Mongodb-native, както сте публикували във вашата връзка. Повече информация тук:документация за сборния курсор на mongoose