Вярвам, че проблемът може да се крие във факта, че давате обект на Python на app.config.from_object
когато очаква низ. От документите:
app = Flask(__name__)
app.config.from_object('yourapplication.default_settings')
app.config.from_envvar('YOURAPPLICATION_SETTINGS')
http://flask.pocoo.org/docs/0.10/ config/#configuring-from-files
Така че във вашия случай може да искате да направите нещо като:
app.config.from_object('your_app.config.{}'.format(config_name))
където config_name
съответства на обекта във вашия config.py.