Току-що се натъкнах на подобен проблем в моя код. За моя имах работа с обект в моя потребителски документ. Трябваше да стартирам user.markModified('object') преди user.save() за да се уверите, че промените са били запазени в базата данни. Моята текуща теория е, че Mongoose не е проследявал елементите, деактивирани или премахнати от базата данни автоматично
