Този въпрос може да е стар, но изпитвах същия проблем и намерих друго решение, което може да работи за други.
Добавяне на ?authSource=admin до края на вашия MONGO_URI променливата ще удостовери вашите идентификационни данни спрямо базата данни на администратора, а не тази, към която се свързвате.
Пример:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:example@sqldat.com:port/db_name?authSource=admin"
