Приложете индекса към "loc" (полето GeoJSON), както сте направили. Уверете се обаче, че вашите координати са посочени в реда на дължина, ширина (не географска ширина, дължина ).
Според документацията на http://docs.mongodb.org/manual/ приложения/geospatial-indexes/#spherical :
Освен това според спецификацията на GeoJSON на http://geojson.org/geojson-spec.html# позиции :