Заради твоя вид:
db.companies.find({exchange: 'OTC'})
Това е естествено сортиране и тъй като вашата актуализация най-вероятно не е налице за тези 1100, това кара някои документи да се преместят в края на вътрешните свързани списъци на MongoDB, което е редът на сортиране по подразбиране; като такъв получавате дублиращи се документи.
Сортирайте заявката си с нещо като _id или каквото и да е, просто нещо.
