Добре, намерих решението да получа base64 низа във формат GUID в рамките на възел, за да го преобразувам, това трябва да се направи:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
и сега мога да направя запитване до базата данни по следния начин:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});