Mongodb 2dsphere индекс за поле с вложен масив

Предоставеният от вас документ ми изглежда добър, направих и прост тест с кратка версия на вашия документ и работи за мен.

"_id" : ObjectId("530cb07c009d8c323b477957"),
        "time_from" : ISODate("2014-02-25T15:02:20.714Z"),
        "checkin" : [
                {
                        "user_id" : 1,
                        "loc" : {
                                "type" : "Point",
                                "coordinates" : [
                                        73.43,
                                        42.22
                                ]
                        }
                }
        ]

db.testGeo.ensureIndex( { "checkin.loc" : "2dsphere"  } );

Затова предлагам да проверите други документи в колекцията, някои от тях може да са деформирани за индекса. Също така се уверете, че елементите на вашия масив от координати не са низове. Тъй като този документ не е валиден за 2dsphere индекс:

"_id" : ObjectId("530cb07c009d8c323b477957"),
            "time_from" : ISODate("2014-02-25T15:02:20.714Z"),
            "checkin" : [
                    {
                            "user_id" : 1,
                            "loc" : {
                                    "type" : "Point",
                                    "coordinates" : [
                                            "73.43",
                                            "42.22"
                                    ]
                            }
                    }
            ]

Моля, обърнете внимание на кавичките за елементите на координатите, което ги прави низове.

ОТГОВОР НА КОМЕНТАРА: Mongo позволява само един геопространствен индекс на колекция. Така че не е нужно да указвате целия път на полето за вашата runCommand. Името на колекцията е достатъчно. Това трябва да работи за вас, ако името на колекцията е checkin_20140222

db.runCommand( { geoNear: 'checkin_20140222', near: {type: "Point", coordinates: [73.43, 42.22]}, spherical: true, maxDistance: 40000})

Надявам се да помогне!