Трябва да зададете извлечените полета като втори параметър на метода findOne
BasicDBObject retrievedField = new BasicDBObject();
retrievedField.put("_id",0);
dbcoll.findOne(query, retrievedField);
Освен това, ако искате да извлечете точната заявка, която показахте, мисля, че трябва да добавите обект elemMatch към retrievedFields, вместо да го добавите към queryObject.
BasicDBObject eleMatch = new BasicDBObject();
eleMatch.put("cityName","A");
BasicDBObject up = new BasicDBObject();
up.put("$elemMatch",eleMatch);
retrievedField.append(up);
BasicDBObject query = new BasicDBObject();
query.put("name","abc");
DBCollection dbcoll = mongoTemplate.getCollection("sample");
DBObject object = dbcoll.findOne(query, retrievedField);