Предполагам, че вашият проблем е, че само един документ се актуализира, нали? Ако случаят е такъв, има друга настройка, която трябва да посочите в третия параметър (параметъра за опции) за метода на актуализиране:
multiple => true
В противен случай ще актуализира само първото съвпадение на вашата заявка. Вижте документацията за метода за актуализиране на:
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php
