Конвенцията, която използвам и съм виждал в повечето проекти с отворен код (включително Spring и др.), е да поставя всички не-java файлове в директория с ресурси, под описателна директория:
module-root/
src/
main/
java/
(Java sources go here)
resources/
log4j.xml
spring/ (spring xmls go here)
sql/ (sql scripts go here)
mongo/ (<-- seems like a good place for mongoDB functions)
test/
unit/
java/ (unit test java sources go here)
resources/ (unit test specific resources - usually none)
integration/
java/ (integration test java sources go here)
resources/
spring/ (usually an ITestAssembly.xml goes here)
След това файлът за компилация пакетира ресурсите в буркан с ресурси, който се разгръща заедно с всички останали буркани.