Как да персонализирате MongoRepository, без да отменяте анотираните методи @Query в интерфейса?

Трябва да разделите интерфейса на вашето хранилище на две.

Първият - "По избор", съдържащ методи, които прилагате ръчно, ще бъде:

public interface TopRepositoryCustom {
    long getPublishedTopoCount();
}

Втори за генерирани методи:

public interface TopRepository extends MongoRepository<Topo, String>, TopRepositoryCustom {
    @Query("{'name':?0}")
    Topo findByName(String name);  
}

Тогава просто трябва да внедрите първото хранилище и не забравяйте да следвате правилната конвенция за именуване. Вижте повече на:spring-data mongodb персонализирано внедряване PropertyReferenceException и Spring Data MongoDB Справка за персонализирани реализации