Сигурни ли сте, че използвате същата база данни? Опитайте да го опростите до основен пример, напр.
$m = new Mongo();
$db = $m->foo;
$db->system->js->save(array("_id"=>"archiveMessages",
"value"=>new MongoCode("function() { return 3; }")));
print_r($db->execute("archiveMessages()"));
Резултати в:
Array
(
[retval] => 3
[ok] => 1
)