Трябва да използвате $[] всички позиционни операторикод>
за актуализиране на множество елементи в масив
Model.update(
{ "_id": 1, "chargeList.date": { "$gt": ISODate("2013-06-26T18:57:30.012Z") }},
{ "$set": { "chargeList.$[].isDelete": true } }
)