Не мисля, че това е възможно в момента. Мисля, че най-добре е да използвате еднообразното поле, без да се позовавате на индекса на елемента. След това всички стойности от масива ще бъдат записани в csv файла и можете правилно да ги преформатирате след експортирането.
mongoexport --db paul --collection team --type=csv --fields _id,official_name,common_name,country,championship,uniform --out "C:\path\to\outputFile\output.csv"