как да направя променлива уникален ключ в mongoose?

Можете да добавите ограничение с unique атрибут. Това също ще добави "уникален" индекс за полето към вашата колекция:

var userSchema = mongoose.Schema({
    username: { type: String, unique: true },
    email: String,
    password: String,
    _todo: [{ type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'Todo'}]
});