Върнете BsonDocument в ApiController

Срещнах и този проблем, взех Bson данните, повторих ги, преобразувайки всеки документ в json в края на Web API, както предполагам сте направили, създавайки списък с json низове - изпратих това обратно и десериализирах всеки низ обратно в Bson документ:

List<string> data = response.Content.ReadAsAsync<List<string>>().Result;

List<BsonDocument> docList = new List<BsonDocument>();
foreach (string dataStr in data) {
    BsonDocument doc = MongoDB.Bson.Serialization.BsonSerializer.Deserialize<BsonDocument>(dataStr);
    docList.Add(doc);                 
}

Което намерих в тази публикация:Конвертиране на низ в MongoDB BsonDocument

Малко шунка, но работи.