Изглежда като $addToSet прави същото като вашата команда:$push с $ne проверка . И двете биха били O(N)
https://github.com/mongodb /mongo/blob/master/src/mongo/db/ops/update_internal.cpp
ако скоростта е наистина важна, тогава защо не използвате хеш:
вместо:
{'$addToSet': {'a':1}}
{'$addToSet': {'a':10}}
използвайте:
{$set: {'a.1': 1}
{$set: {'a.10': 1}