Вградените документи могат да съществуват само като елементи в масив. Това е предвидено, можете да попитате авторите поради техните причини :)
Може да искате да използвате DBRef :
Person = new Schema
mother: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
father: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
(забележете, че не се нуждаете от add обаждане)
Вижте документите за populate/DBRef .
