Mongoose, изтегли от поддокумента

Изглежда, че MongooseArray#pull метод работи само ако вашите елементи имат _id свойства.

Намирам за по-лесно да използвам директни повиквания към update за да избегнете този вид изненади:

mongoose.model('organization').update(
    {_id: user.organization},
    {$pull: {members: {user: user._id}}},
    function(err, numAffected) { ... }
);